№ 1
Услуги по проведению полногеномного секвенирования
- Классификатор
- ОКПД2: 72.11.13.000 · Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области сельскохозяйственной биотехнологии
- Характеристики
- Количество образцов - 150 образцов: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Объем данных на образец не менее 55 Gb: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- % покрытия генома - не менее 95%: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Покрытие генома не менее 20Х: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Длина парных прочтений (ридов) не менее 150 п.н: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Секвенирование с использованием технологии Illumina для сопоставления с ранее полученными данными. Со-здание и контроль качества SBS-библиотек с использо-ванием технологии фрагментного биоанализатора и флуорометрическая оценка количества. Амплификация фрагментов должна осуществляться непосредственно на поверхности проточной ячейки методом мостиковой (bridge) амплификации in situ без предварительного формирования ДНК-наноструктур: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
Показать ещё 9
- Флуорометрическая оценка количества и анализ каче-ства ДНК с использованием технологии фрагментного биоанализатора проводится Исполнителем. Данные из-мерений качества и количества ДНК для каждого об-разца передаются Заказчику в виде таблицы: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Возможность использования фрагментированной ДНК и использования длины прочтений 100 п.н: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Демультиплексирование первичных данных должно осуществляться с использованием штатного программ-ного обеспечения производителя платформы, предна-значенного для конверсии файлов формата BCL в FASTQ. Передача исходного BCL файла по требованию Заказчика.: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Должна быть проведена обработка данных с использо-ванием MultiQC, подготовлен отчет по каждому образ-цу, проведен расчет качества последовательности FASTQ-ридов и их GC-состав (среднее значение по всем образцам), визуализация результатов в виде гра-фиков.: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Нуклеотидные последовательности, полученные в ре-зультате биоинформатического анализа секвенирован-ных последовательностей ДНК анализируемых образ-цов, должны быть представлены в формате FASTQ че-рез сеть интернет (триммированные и демультиплекси-рованные) на защищенном сервере: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Для каждого передаваемого файла данных должна быть предоставлена контрольная сумма MD5 в отдельном текстовом файле и обеспечивать возможность верифи-кации целостности данных после передачи: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Должна быть обеспечена безопасная передача файлов и данных с защищенного сервера. FTPS (FTP Secure) и SFTP (SSH File Transfer Protocol). Должна быть обеспечена возможность удаленно скопи-ровать все файлы и каталоги из исходного каталога в целевой каталог одной командой: рекурсивная загрузка файлов и каталогов через интерфейс командной строки (CLI) Linux по защищенному каналу передачи данных: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Передача образцов генетического материала в виде ДНК в пробирках типа еppendorf осуществляется путем самовывоза Исполнителем от Заказчика. ДНК предо-ставляется в нативном виде, без обработки ферментами. Доставка должна осуществляться с использованием температурного режима не выше -70ºС. Передача может осуществляться партиями: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Бесплатное хранение данных на защищенном сервере с возможностью неограниченного количества повторных бесплатных выгрузок данных секвенирования Заказчи-ком в течение не менее 180 дней: наличие. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Количество
- 1.00000000000 Условная единица
- Распределение по заказчикам
- Распределение отсутствует в XML
- Цена
- 5 848 450,00 руб. за единицуВсего 5 848 450,00 руб.
- Дополнительные признаки
- Признаки отсутствуют в XML