№ 1
Оказание услуг по секвенированию экзомов образцов цельной крови с выдачей сырых данных и данных биоинформатического анализа для нужд Федерального государственного бюджетного научного учреждения «РНЦХ им. акад. Б.В. Петровского»
- Классификатор
- ОКПД2: 72.19.30.000 · Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области медицинских наук
- Характеристики
- Выделение тотальной ДНК из образцов крови человека: 1. Заказчик предоставляет Исполнителю обезличенные образцы крови для выделения ДНК. 2. Исполнитель проводит выделение тотальной ДНК с использованием рабочей станции QIAcube Connect (Qiagen, Германия) или аналога и набора реагентов Blood Q (Raissol, Россия) или аналога, по методике, рекомендуемой производителем. 3. Исполнитель оценивает качество полученной ДНК методом методом микроэлектрофореза на приборе Bio-Fragment Analyser Qsep400 (BiOptic, Тайвань) или аналоге, а также определить концентрации ДНК с использованием спектрофлуориметрического метода на флуориметре Qubit (Thermo Fisher Scientific, USA) или аналоге с использованием программы измерения dsDNA High sensitivity. Общий объём ДНК должен быть не менее 1-2 мкг; концентрация не менее 100 нг/мкл; соотношение A260/A280 должно находиться в диапазоне 1,8–2,0 4. Количество выполняемых тестов – 600 шт. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Биоинформатический анализ: 1. Исполнитель осуществляет биоинформатический анализ полученных данных. В рамках анализа, должен быть осуществлен поиск однонуклеотидных замен, делеций и инсерций размером от 1 до 15 млн. н.п. и вариаций числа копий гена размером от 10 000 до 15 млн. н.п. с клинической интерпретацией данных в соответствии с рекомендациями ACMG и РОМГ. 2. Обработка данных секвенирования должна проводиться с использованием автоматизированного алгоритма, включающего выравнивание прочтений на референсную последовательность генома человека (hg38), постпроцессинг выравнивания, выявление вариантов и фильтрацию вариантов по качеству, а также аннотацию выявленных вариантов по всем известным транскриптам каждого гена из базы RefSeq с применением ряда методов предсказания патогенности замен (например: SIFT, PolyPhen2-HDIV, PolyPhen2-HVAR, MutationTaster, LRT), а также методов расчета эволюционной консервативности позиций (например: PhyloP, PhastCons). Оценка патогенности выявленных мутаций должна проводиться согласно рекомендациям ACMG и РОМГ. 3. Для оценки клинической релевантности выявленных вариантов должна использоваться база данных PharmGkb и другие базы аналоги. 4. Критерии качества экзомной пробоподготовки: ширина прочтений на глубине 10х не менее 98%, средняя глубина покрытия не менее 100х. 5. Исполнитель выдает результаты биоинформатического анализа: файл с метриками качества образцов и файл обнаруженных вариантов с аннотацией по базе PharmGkb и другим базам аналогам.в формате txt по ссылке для скачивания, либо в виде копии на внешнем носителе. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Секвенирование экзомных библиотек на платформе SURFSeq 5000 с покрытием 100х: 1. Исполнитель осуществляет секвенирование полученных экзомных библиотек методом массового параллельного секвенирования в режиме парноконцевых чтений длиной 150 п.о с минимальным покрытием не менее 100х по всем целевым регионам экзома. В результате секвенирования будут получены данные в объеме не менее 8 ГБ/образец. 2. Исполнитель проводит оценку качества секвенирования по следующим параметрам: плотность кластеров, интенсивность сигнала в каналах детекции, доля кластеров, прошедших фильтр по выходу выровненных прочтений. Параметры не должны выходить за пределы допустимых значений. Доля данных с качеством выше Q30 (Phred) должна быть не менее 80%. 3. Исполнитель предоставляет результаты секвенирования в формате FASTQ. 4. Все полученные файлы будут переданы по ссылке для скачивания, либо в виде копии на внешнем носителе. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Приготовление экзомных библиотек ДНК: 1. Исполнитель проводит синтез экзомных библиотек для последующего проведения массового параллельного секвенирования на платформе SURFSeq 5000 (GeneMind, Китай) или аналоге. 2. Библиотеки будут приготовлены с использованием набора для синтеза полногеномных библиотек “Набор для приготовления полногеномных библиотек ShotGun «SG GM»” (Raissol, Россия) или аналоге по методу, рекомендованным производителем. 3. Пробоподготовка будет включать в себя этапы фрагментации исходной ДНК; репарации концов; аденилирование 3’-концов; присоединение адаптеров; обогащение ДНК-фрагментов. Обогащение кодирующей последовательности генома будет проведено с использованием биотинилированных зондов (VAHTS Target Capture Core Exome Panel, VAZYME, Китай) или аналогов, осуществляя гибридизацию и захват магнитными стрептавидиновыми частицами набором VAHTS Target Capture Hybridization and Wash Kit (VAZYME, Китай) или аналогов. 4. В ходе подготовки образцов ДНК будут получены конструкции, состоящие из набора клонированных ДНК-фрагментов кодирующей последовательности генома с «пришитыми» к ней ДНК-адаптерами (далее экзомные библиотеки). 5. Исполнитель проводит анализ качества полученных экзомных библиотек, включающий определение размеров методом микроэлектрофореза на приборе Bio-Fragment Analyser Qsep400 (BiOptic, Тайвань) или аналоге и концентраций с использованием спектрофлуориметрического метода на флуориметре Qubit (Thermo Fisher Scientific, USA) или аналоге с использованием программы измерения dsDNA High sensitivity. Средний размер фрагментов экзомных библиотек, оцененный с помощью метода капиллярного гель-электрофореза, должен составлять 350-500 п.о. Количество ДНК в пуле полученных экзомных библиотек должно быть не менее 200 нг. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Количество
- Количество не определено в XML
- Распределение по заказчикам
- Распределение отсутствует в XML
- Цена
- 15 000 000,00 руб. за единицуВсего 15 000 000,00 руб.
- Дополнительные признаки
- Преимущество российским товарам