№ 1
Выполнение научно-исследовательских работ по теме: «Разработка и экспериментальная оценка эффективности шпилечных РНК для подавления экспрессии гена AGER в клеточных моделях человека и крысы»
- Классификатор
- ОКПД2: 72.19.19.900 · Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области прочих естественных наук, прочие, не включенные в другие группировки
- Характеристики
- Основание для выполнения НИР: Работы выполняются по заявке ФГБНУ «РНЦХ им. акад. Б.В. Петровского». Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Цель и задачи НИР: Целью НИР является разработка и доклиническая оценка in vitro эффективности специфичных коротких шпилечных РНК (shRNA) для подавления экспрессии гена AGER (Receptor for Advanced Glycation End-products) в клеточных линиях человека и крысы с целью создания инструмента для фундаментальных и прикладных исследований в области биологии старения. Задачи НИР: 1. Дизайн и валидация инструментов: Разработка праймеров для детекции экспрессии гена AGER и подбор референсных генов для человека и крысы. Скрининг панели клеточных линий для выбора оптимальных in vitro моделей. 2. Конструирование shRNA: Биоинформационный дизайн и синтез 9 вариантов шпилечных РНК, нацеленных на мРНК гена AGER человека (5 вариантов) и крысы (4 варианта). 3. Клонирование и подготовка векторов: Создание лентивирусных плазмидных конструкций, кодирующих shRNA, и наработка препаратов плазмидной ДНК. 4. Функциональный скрининг in vitro: Трансдукция отобранных клеточных линий лентивирусными частицами, селекция и оценка эффективности нокдауна гена AGER на уровне мРНК (qRT-PCR) и белка (Вестерн-блоттинг). 5. Отбор кандидатов и наработка: Выбор 2 наиболее эффективных shRNA для человека и 2 для крысы, масштабированная подготовка готовых к использованию лентивирусных препаратов. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Этапы НИР: Выполнение НИР осуществляется в соответствии с Календарным планом выполнения работ и выполняются в 1 (один) этап. Содержание работ включает: 1. Дизайн праймеров для qPCR для гена AGER человека и крысы. 2. Анализ экспрессии AGER в клеточных линиях человека (786-О, HEK293T, AsPC-1, OVCAR-3, HUVEC). 3. Анализ экспрессии AGER в клеточных линиях крысы (С6, Rat2, первичные фибробласты). 4. Дизайн 5 shRNA для человека и 4 shRNA для крысы. 5. Синтез, клонирование в лентивирусные векторы, наработка плазмид. 6. Лентивирусная трансдукция и селекция отобранных линий клеток. 7. Оценка нокдауна AGER в отобранных клеточных линиях методом Вестерн-блоттинга. 8. Оценка нокдауна гена AGER в отобранных клеточных линиях методом qRT-PCR. 9. Отбор кандидатов shRNA и наработка лентивирусных препаратов. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Порядок сдачи-приемки результатов работ: Результаты НИР должны быть представлены в виде Отчета о НИР в соответствии с ГОСТ 7.32-2017 с приложением результатов исследований, включая анализ полученных результатов и описание алгоритмов и их программной реализации. Исполнитель передает Заказчику 2 (два) экземпляра отчета на бумажном носителе и 1 (один) экземпляр отчета на электронном носителе файлами в формате *doc, *pdf, в форме и содержании, соответствующий предоставленной информации на бумажном носителе, а также 2 (два) экземпляра акта сдачи-приемки выполненных работ. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Требования к выполнению НИР: В ходе выполнения НИР: 1. Должен быть выполнен In silico дизайн праймеров на ген AGER человека и крысы с проверкой специфичности, а также подбор референсных генов для человека и крысы (не менее 2-х). 2. Должна быть проведена qRT-PCR в 3 технических повторностях для определения экспрессии гена AGER в исследуемых линиях клеток человека и крысы. 3. Должен быть проведен биоинформационный анализ с использованием специализированного ПО для дизайна шпилечных РНК, при этом необходимо учитывать специфичность и минимизировать риск off-target эффектов. 4. Должен быть выполнен химический синтез олигонуклеотидов, клонирование в вектор (напр., pLKO.1). Трансформация, отбор клонов, выделение плазмидной ДНК (мини- и макс-препараты). 5. Должны быть получены лентивирусные супернатанты (1-го поколения) и проведена трансдукция выбранных линий с последующей селекцией пуциномицином. 6. Должны быть приготовлены клеточные лизаты, проведен электрофорез, трансфер, детекция с антителами к AGER и белку-нормализатору (например, GAPDH, β-Актин). 7. Должен быть проведен анализ уровня мРНК AGER в трансдуцированных линиях. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Перечень этапов, содержание: Работы будут выполнены в один этап общей длительностью начиная с даты заключения контракта по 15.03.2026 г. Перечень и содержание работ приведены в Приложении к настоящему Техническому заданию (Календарный план выполнения работ). Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
Показать ещё 1
- Ожидаемые результаты НИР: По результатам выполнения НИР Заказчику должен быть предоставлен отчет с разработанными методами, алгоритмами и результатами исследований, а именно: 1. Набор валидированных пар праймеров для гена AGER и референсных генов для человека и крысы. Электрофореграммы ПЦР-продуктов, данные по эффективности амплификации. 2. График и таблица с уровнями экспрессии AGER (нормализованные значения Cq или ΔCq) для всех линий. Рекомендация 1 модельной линии и линии HUVEC для человека и 2 клеточных линий крысы для дальнейшей работы. 3. Отчет с последовательностями 9 спроектированных shRNA и обоснованием их выбора. 4. 9 препаратов плазмидной ДНК (не менее 20 мкг каждый), валидированных ферментативной рестрикцией и секвенированием. Схема векторов. 5. Не менее 2 стабильно трансдуцированных поликлональных клеточных линий для 4 конструкций (2 лучших человеческих и 2 лучших крысиных). 6. Блот-изображения. Количественная оценка уровня подавления белка AGER (не менее 50% для лучших кандидатов) по сравнению с контролем (scramble shRNA). 7. Данные qPCR, в том числе сырые данные ПЦР-РВ. Количественная оценка уровня подавления мРНК AGER (не менее 50% для лучших кандидатов) относительно контроля (интактные клетки и scramble shRNA). 8. 4 готовых препарата лентивируса (не менее 10 мл каждый) с инфекционным титром не менее 1x10^7 БОЕ/мл. Сертификат качества с указанием титра. Указание по заполнению: Значение характеристики не может изменяться участником закупки.
- Количество
- 1 Условная единица
- Распределение по заказчикам
- Распределение отсутствует в XML
- Цена
- 5 000 000,00 руб. за единицуВсего 5 000 000,00 руб.
- Дополнительные признаки
- Признаки отсутствуют в XML